Laboratoire de Génomique

Les activités du laboratoire incluent des projets de recherche fondamentale, de recherche translationnelle et de développement technologique à l'aide d'approches (épi)génétiques et (épi)génomiques utilisant notamment le séquençage de 1ère, 2ème et 3ème génération et le génotypage de bas/moyen et haut débit.

2025 : Publication de 4 articles originaux

HSP110 T17 marker matches the pentaplex panel and outperforms CAT-25 for detecting microsatellite instability in sporadic colorectal cancer dans le journal Cancer Genetics.

MSI Expresso: a software for determining MSI status and detecting MSI-related transcription events from RNA sequencing data dans le journal Front Genetics.

Characterization of challenging forensic DNA traces using advanced molecular technologies dans le journal International Journal of Legal Medicine.

A detailed analysis of second and third generation sequencing approaches for accurate length determination of short tandem repeats and homopolymers dans le journal Nucleic Acids Research.

Le laboratoire de Génomique s’intéresse à deux thématiques de recherche :

I. L’étude du vieillissement et de la longévité humaines

II. L’étude des microsatellites et de l’instabilité des microsatellites

Génétique et épigénétique du vieillissement et de la longévité humaines

Le vieillissement de la population est l’un des défis sociétaux, économiques et de santé publique majeurs en France et en Europe. Il est donc important de pouvoir proposer des solutions à l'augmentation des coûts pour le système de santé due au vieillissement de la population, notamment en améliorant le vieillissement en bonne santé, ce qui nécessite une bonne compréhension des mécanismes du vieillissement et de la longévité qui affectent différemment chaque individu.

La cohorte Vieillissement du CEPH a été établie dans les années 1990 à 2000 afin de collecter l’ADN de près de 2000 nonagénaires, centenaires et supercentenaires français dans le but d’identifier les facteurs génétiques héréditaires associés à la longévité. Elle a notamment permis l’identification du gène APOE dont l’association avec la longévité est la plus clairement établie à ce jour.

Les projets du laboratoire de génomique sur cette thématique se décline en trois axes :

I. Etude des variations génétiques et épigénétiques du génome mitochondrial dans le vieillissement et la longévité humaines ;

II. Etude des acides nucléiques circulants du plasma sanguin au cours du vieillissement et recherche de biomarqueurs plasmatique circulant de la longévité ;

III. Horloges épigénétiques et altérations des horloges épigénétiques chez des centenaires et supercentenaires et leurs descendants.

Microsatellites et instabilité des microsatellites dans le cancer

Les microsatellites sont des séquences d’ADN répétées en tandem présentant un motif de répétitions de 1 à 6 nucléotides qui sont présents de manière ubiquitaire dans le génome de presque tous les organismes vivants. En raison de leurs taux de mutations élevés qui sont responsables de leur évolution rapide et qui sont causés principalement par le glissement de la polymérase, les microsatellites présentent un haut niveau de polymorphisme basé sur le nombre de répétitions du motif de base et sont utilisés comme marqueurs génétiques dans de nombreuses applications biomédicales.

Dans le cancer, l'instabilité des microsatellites (MSI/MSI-H) est une altération génétique qui a été initialement décrite dans le cancer colorectal (CRC) et se caractérise par l'accumulation de mutations dans les microsatellites due à une perte de fonction du système de réparation des mésappariements (MMR). La détection des MSI dans le cancer est utile au diagnostic (cancer sporadique ou syndrome de Lynch et CMMRD), au pronostic et pour le choix d’un traitement ciblé (chimio/immuno- thérapie).

Les projets du laboratoire de génomique sur cette thématique se décline en trois axes :

I. Etude fondamentale de la formation des mutations microsatellites dans des systèmes in vitro et des modèles in vivo procaryotes et eucaryotes ;

II. Amélioration des méthodes de génotypage et de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération) des séquences microsatellites ;

III. Développement de nouvelles méthodes ultra-sensibles de détection des MSI dans le cancer.

Publications

2025

Rajoua N, Daunay A, Triki W, Baraket O, Bouchoucha S, Maghrebi H, Mabrouk A, Deleuze JF, How-Kit A, Kharrat M. HSP110 T17 marker matches the pentaplex panel and outperforms CAT-25 for detecting microsatellite instability in sporadic colorectal cancer. Cancer Genetics. 2025 Jun. 294-295:21-26. doi:10.1016/j.cancergen.2025.03.002.
Tubacher E, How‑Kit A, Sahbatou M, Renault V, Deleuze JF. MSI Expresso: a software for determining MSI status and detecting MSI-related transcription events from RNA sequencing data. Front Genetics. 2025. Volume 16/doi: 10.3389/fgene.2025.1523278.
Larnane A, Lefevre‑Horgues C, Cruaud C, Fund C, Le Floch E, Sandron F, Segurens B, How‑Kit A, Deleuze JF. Characterization of challenging forensic DNA traces using advanced molecular technologies. Int J Legal Med. 2025 Mar 1. doi: 10.1007/s00414-025-03448-8.
Jeanjean SI, Shen Y, Hardy LM, Daunay A, Delépine M, Gerber Z, Alberdi A, Tubacher E, Deleuze JF, How-Kit A. A detailed analysis of second and third generation sequencing approaches for accurate length determination of short tandem repeats and homopolymers. Nucleic Acids Res. 2025 Feb 8. 53(4):gkaf130. doi:10.1093/nar/gkaf131.

2024

Le Buanec H, Schiavon V, Merandet M, How-Kit A, Bergerat D, Fombellida-Lopez C, Bensussan A, Bouaziz JD, Burny A, Darcis G, Song H, Sajadi MM, Kottilil S, Gallo RC, Zagury D. Early Elevated IFNα Identified as the Key Mediator of HIV Pathogenesis and its low level a Hallmark of Elite Controllers. Commun Med (Lond). 2024 Mar 19;4(1):53. doi: 10.1038/s43856-024-00454-6.
Le Buanec H, Schiavon V, Merandet M, How-Kit A, Song H, Bergerat D, Fombellida-Lopez C, Bensussan A, Bouaziz JD, Burny A, Darcis G, Sajadi MM, Kottilil S, Zagury D, Gallo RC. IFNα induces CCR5 in CD4+ T-cells, causing its anti- HIV inefficiency and its subsequent pathogenic elevation, partially controlled by anti-HIV therapy. Commun Med (Lond). 2024 Mar 19;4(1):52. doi: 10.1038/s43856-024-00453-7.
How-Kit A, Sahbatou M, Hardy LM, Tessier NP, Schiavon V, Le Buanec H, Sebaoun JM, Blanché H, Zagury JF, Deleuze JF. Correction to: The CEPH aging cohort and biobank: a valuable collection of biological samples from exceptionally long-lived French individuals and their offspring for longevity studies. Geroscience. 2024 Jan 26. doi: 10.1007/s11357-024-01085-4.

2023

How-Kit A, Sahbatou M, Hardy LM, Tessier NP, Schiavon V, Le Buanec H, Sebaoun JM, Blanché H, Zagury JF, Deleuze JF. The CEPH aging cohort and biobank: a valuable collection of biological samples from exceptionally long-lived French individuals and their offspring for longevity studies. Geroscience. 2023 Dec 23. doi: 10.1007/s11357-023-01037-4.
Tessier NP*, Hardy LM*, Deleuze JF & How-Kit●. A Circulating cell-free nucleic acids of plasma in human aging, healthy aging and longevity: current state of knowledge. Front. Genetics. 14:1321280. doi:10.3389/fgene.2023.1321280. IF: 4.772. *Equal contribution ●Corresponding author
How-Kit A & Ye K. Editorial: Microsatellite and Microsatellite Instability. Front Genet. volume 14 - 2023 May. doi:10.3389/fgene.2023.1189212.
Calugareanu A, Specque F, Demouche S, Grolleaux C, Dobos G, Merandet M, Bergerat D, Peltier S, Jachiet M, Cassius C, Mahevas T, Saussine A, How-Kit A, Serror K, Baulande S, Lepelletier C, Mrad M, Charvet E, de Masson A, Boccara D, Battistella M, Le Buanec H & Bouaziz JD. Transcriptomic landscape of prurigo nodularis lesional skin CD3+ T cells using single-cell RNA-Sequencing. J Invest Dermatol. 2023 May 30:S0022-202X(23)02134-6. doi: 10.1016/j.jid.2023.05.011.
Grolleau C, Calugareanu A, Demouche S, Nosbaum A, Staumont-Sallé D, Aubert H, Cassius C, Jachiet M, Saussine A, Bagot M, Bachelez H, Battistella M, Hotz C, Du Thanh A, Crépy MN, Bergerat D, Merandet M, Onifarasoaniaina R, Alberdi A, How-Kit A, Bouaziz JD, Le-Buanec H. IL-4/IL-13 Inhibitors for Atopic Dermatitis Induce Psoriatic Rash Transcriptionally Close to Pustular Psoriasis. J Invest Dermatol. 2023 Jan 5:S0022-202X(22)02817-2. doi: 10.1016/j.jid.2022.10.015. Epub ahead of print. PMID: 36610660.
Jeanjean SI, Renault V, Daunay A, Shen Y, Hardy LM, Deleuze JF & How-Kit A. LT-RPA: An Isothermal DNA Amplification Approach for Improved Microsatellite Genotyping and Microsatellite Instability Detection. Methods Mol Biol. 2023;2621:91-109. doi: 10.1007/978-1-0716-2950-5_7.

2022

Carrier A, Desjobert C, Ponger L, Lamant L, Bustos M, Torres-Ferreira J, Henrique R, Jeronimo C, Lanfrancone L, Delmas A, Favre G, Daunay A, Busato F, Hoon DSB, Tost J, Etievant C, Riond J, Arimondo PB. DNA methylome combined with chromosome cluster-oriented analysis provides an early signature for cutaneous melanoma aggressiveness. Elife. 2022 Sep 20;11:e78587. doi: 10.7554/eLife.78587. PMID: 36125262; PMCID: PMC9525058.
Daunay A, Hardy LM, Bouyacoub Y, Sahbatou M, Touvier M, Blanché H, Deleuze JF, How-Kit A. Centenarians consistently present a younger epigenetic age than their chronological age with four epigenetic clocks based on a small number of CpG sites. Aging (Albany NY). 2022 Oct 3;14. doi: 10.18632/aging.204316.
Hardy LM, Bouyacoub Y, Daunay A, Sahbatou M, Baudrin LG, Gressin L, Touvier M, Blanché H, Deleuze JF, How-Kit A. A high-throughput real-time PCR tissue-of-origin test to distinguish blood from lymphoblastoid cell line DNA for (epi)genomics studies. Sci Rep. 2022 Mar 18;12(1):4684. doi: 10.1038/s41598-022-08663-6.
Renault V, Tubacher E, How-Kit A. Assessment of Microsatellite Instability from Next-Generation Sequencing Data. Adv Exp Med Biol. 2022;1361:75-100. doi: 10.1007/978-3-030-91836-1_5.PMID: 35230684.

2020

Zeggar HR, How-Kit A, Daunay A, Bettaieb I, Sahbatou M, Rahal K, Adouni O, Gammoudi A, Deleuze JF & Kharrat M. Tumor DNA hypomethylation of LINE-1 is associated with the tumor grade of breast cancer. Oncol Lett. 2020 Aug;20(2):1999-2006. doi: 10.3892/ol.2020.11745. Epub 2020 Jun 17.
Garali I*, Sahbatou M*, Daunay A, Baudrin LG, Renault V, Bouyacoub Y, Deleuze JF & How-Kit A. Improvement of a blood-based single-locus age prediction model using DNA methylation of ELOVL2 promoter. Sci Rep. 2020 Sep 24;10(1):15652. doi: 10.1038/s41598-020-72567-6.* Equal contribution.
Cassius C, Amode R, Delord M, Battistella M, Poirot J, How-Kit A, Lepelletier C, Jachiet M, de Masson A, Frumholtz L, Cordoliani F, Boccara D, Lehmann-Che J, Wong J, Dubanchet S, Alberdi AJ, Merandet M, Bagot M, Bensussan A, Bouaziz JD, Le Buanec H. MDA5+ dermatomyositis is associated with stronger skin type I interferon transcriptomic signature with up-regulation of IFN-κ transcript. J Invest Dermatol. 2020 Jan 10. pii: S0022-202X(19)33493-1. doi: 10.1016/j.jid.2019.10.020.
Jouenne F, Chevret S, Bugnet E, Clappier E, Lorillon G, Meignin V, Sadoux A, Cohen S, Haziot A, How-Kit A, Kannengiesser C, Lebbé C, Gossot D, Mourah S, Tazi A. Genetic Landscape and Clinical Outcomes of Adult Langerhans Cell Histiocytosis with Lung Involvement. Eur Respir J. 2020 Feb 27;55(2). pii: 1901190. doi: 10.1183/13993003.01190-2019.

2019

Daunay A, Duval A, Baudrin LG, Buhard O, Renault V, Deleuze JF & How-Kit A. Low temperature isothermal amplification of microsatellites drastically reduces stutter artifact formation and improves microsatellite instability detection in cancer. Nucleic Acids Res. 2019 Sep 17. pii: gkz811. doi: 10.1093/nar/gkz811.
Daunay A, Baudrin LG, Deleuze JF, How-Kit A. Evaluation of six blood-based age prediction models using DNA methylation analysis by pyrosequencing. Sci Rep. 2019 Jun 20;9(1):8862. doi: 10.1038/s41598-019-45197-w.
Rouillé T, Aractingi S, Kadlub N, Fraitag S, How-Kit A, Daunay A, Picard A, Fontaine RH, Guégan S. Local MEK/AKT inhibition prevents cellular growth in novel preclinical models of human congenital melanocytic nevi. J Invest Dermatol. 2019 May 3. pii: S0022-202X(19)31499-X. doi: 10.1016/j.jid.2019.03.1156.
Schiavon V*, Duchez S*, Branchtein M*, How-Kit A*, Cassius C, Daunay A, Shen Y, Dubanchet S, Colisson R, Vanneaux V, Pruvost A, Roucairol C, Setterblad N, Bouaziz JD, Boissier MC, Semerano L, Graux C, Bensussan A, Burny A, Gallo RC, Zagury D, Le Buanec H. Microenvironment tailors nTregs structure and function. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Mar 7. pii: 201812471. doi: 10.1073/pnas.1812471116. * Equal contribution.
Desjobert C, Carrier A, Delmas A, Marzese D, Daunay A, Busato F, Pillon A, Tost J, Riond J, Favres G, Etievant C, Arimondo P. Demethylation by low dose 5-aza-2’-deoxycytidine impairs 3D melanoma invasion partially through miR-199a-3p expression revealing the role of this miR in melanoma. Clin Epigenetics. 2019 Jan 16;11(1):9. doi: 10.1186/s13148-018-0600-2.

2018

Baudrin LG, Deleuze JF, How-Kit A. Molecular and computational methods for the detection of microsatellite instability in cancer. Front Oncol. 12 December 2018. doi:10.3389/fonc.2018.00621.
Baudrin LG, Duval A, Daunay A, Buhard O, Bui H, Deleuze JF, How-Kit A. Improved Microsatellite Instability Detection and Identification by Nuclease-Assisted Microsatellite Instability Enrichment Using HSP110 T17. Clin Chem. 2018 Jun 14. pii: clinchem.2018.287490. doi: 10.1373/clinchem.2018.287490.
How-Kit A, Daunay A, Buhard O, Meiller C, Sahbatou M, Collura A, Duval A, Deleuze JF. Major improvement in the detection of microsatellite instability in colorectal cancer using HSP110 T17 E-ice-COLD-PCR. Hum Mutat. 2018 Mar;39(3):441-453. doi: 10.1002/humu.23379. Epub 2017 Dec 26.

2017

Renault V, Tost J, Pichon F, Wang-Renault SF, Letouzé E, Imbeaud S, Zucman-Rossi J, Deleuze JF, How-Kit A. aCNViewer: comprehensive genome-wide visualization of absolute copy number and copy neutral variations. PLoS One. 2017 Dec 19;12(12):e0189334. doi: 10.1371/journal.pone.0189334. eCollection 2017.

Louveau B, Tost J, Mauger F, Sadoux A, Podgorniak MP, How-Kit A, Pages C, Roux J, Da Meda L, Lebbe C, Mourah S. Clinical value of early detection of circulating tumour DNA-BRAFV600mut in patients with metastatic melanoma treated with a BRAF inhibitor. ESMO Open June 21, 2 (2) e000173; DOI: 10.1136/esmoopen-2017-000173.

How-Kit A, Teyssier E, Deleuze JF, Gallusci P. Locus-specific DNA methylation analysis and applications to plants. Plant Epigenetics. 2017 May. (pp. 303-327). doi: 10.1007/978-3-319-55520-1_16.

Mauger F*, How-Kit A*, Tost J. COLD-PCR technologies in the area of personalized medicine: Methodology and Applications. Mol Diagn Ther. Jun;21(3):269-283. doi: 10.1007/s40291-016-0254-8. doi: 10.1007/s40291-016-0254-8.* Equal contribution.

2016

Yaghi L, Poras I, Simoes RT, Donadi EA, Tost J, Daunay A, de Almeida BS, Carosella ED, Moreau P. Hypoxia inducible factor-1 mediates the expression of the immune checkpoint HLA-G in glioma cells through hypoxia response element located in exon 2. Oncotarget. 2016 Aug 26. doi: 10.18632/oncotarget.11628.
Mauger F, Daunay A, Deleuze JF, Tost J, How-Kit A. Multiplexing of E-ice-COLD-PCR Assays for Mutation Detection and Identification. Clin Chem. 2016 Jun 22. pii: clinchem.2016.258830.
Bjaanæs MM*, Fleischer T*, Halvorsen AR, Daunay A, Busato F, Solberg S, Jørgensen L, Kure E, Edvardsen H, Børresen-Dale AL, Brustugun OT, Tost J, Kristensen V, Helland A. Genome-wide DNA methylation analyses in lung adenocarcinomas: association with EGFR, KRAS and TP53 mutation status, gene expression and prognosis. Mol Oncol. 2016 Feb;10(2):330-43. doi: 10.1016/j.molonc.2015.10.021.
Guégan S, Kadlub N, Picard A, Rouillé T, Charbel C, Coulomb-L'Hermine A, How-Kit A, Fraitag S, Aractingi S, Fontaine RH. Varying proliferative and clonogenic potential in NRAS-mutated congenital melanocytic nevi according to size. Exp Dermatol. 2016 May 19. doi: 10.1111/exd.13073.
Mourah S, How-Kit A, Meignin V, Gossot D, Lorillon G, Bugnet E, Mauger F, Lebbe C, Chevret S, Tost J, Tazi A. Recurrent NRAS mutations in pulmonary Langerhans cell histiocytosis. Eur Respir J. 2016 Jun;47(6):1785-96. doi: 10.1183/13993003.01677-2015.
Boureau L, How-Kit A, Teyssier E, Drevensek S, Rainieri M, Joubès J, Stammitti L, Pribat A, Bowler C, Hong Y, Gallusci P. A CURLY LEAF homologue controls both vegetative and reproductive development of tomato plants. Plant Mol Biol. 2016 Mar;90(4-5):485-501. doi: 10.1007/s11103-016-0436-0.

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