Equipex+ BioCF
Le CRB du CEPH est le partenaire pour l'aspect biobanking de l'Equipex+ BioCF (Biobanque Cohortes françaises) sélectionné par l'ANR dans le cadre des Equipex+ 2020.
BioCF résulte d'une collaboration entre l'INSERM (coordinateur du projet), l'université Paris Saclay, l'université de Paris et la Fondation Jean Dausset-CEPH.
BioCF a pour objectif de favoriser les collaborations entre les cohortes nationales en épidémiologie: CONSTANCES, E3N-E4N, ELFE, EPIPAGE 2 et GAZEL, de regrouper les collections sur un même lieu au CEPH, de les annoter avec des données génétiques type UK-Biobank et de mettre en place un laboratoire de sciences du biobanking.
BioCF s'appuiera sur les équipements matériels existants et nouveaux - c'est-à-dire principalement les échantillons biologiques des cohortes et les équipements nécessaires à leur conservation et leur traitement – mais aussi sur les vastes équipements immatériels tels que les données existantes et nouvelles des cohortes et le savoir-faire technique et scientifique de la biobanque de la Fondation Jean Dausset-CEPH à Paris où seront localisées les collections biologiques.
Ouverte aux chercheurs des secteurs académique et privé dans les domaines biomédical et de la santé publique, cette infrastructure technologique et scientifique offre des opportunités sans précédent pour la recherche en santé.
Cette ressource nationale facilitera l'accélération de la recherche basée sur l'utilisation d'échantillons biologiques et de leurs riches données associées, résultant en une capacité accrue et partagée de produire des résultats scientifiques de haute qualité.
Cette nouvelle ressource constitue un outil central facilitant la planification, le développement et la mise en œuvre rapide de projets scientifiques axés sur la prévention, le diagnostic, le pronostic et le traitement d'un large éventail de maladies.
Les cinq cohortes participantes comprennent au total près de 400000 volontaires français avec un suivi actif continu allant de quelques années à plusieurs décennies (E3N et Gazel).
130 000 volontaires ont déjà consenti à donner des échantillons biologiques pour la recherche biomédicale, et environ 50 000 d’entre eux ont déjà donné plusieurs types d'échantillons (p. ex. sang, urine, salive).
Ces chiffres continuent d'augmenter avec les collectes en cours (p. ex. dans Constances). Ils seront encore accrus dans BioCF avec une nouvelle collecte pour la composante familiale de E3N-E4N et s’enrichiront de nouveaux types d'échantillons (p. ex. les fèces, les cheveux et les ongles).
BioCF repose sur la confiance et la participation à long terme des volontaires qui répondent régulièrement aux questionnaires de suivi, qui acceptent de donner des échantillons biologiques et de participer aux activités de recherche depuis la création des cohortes.
La nouvelle ressource constituée par BioCF comblera le fossé actuel avec d'autres pays en Europe, avec les États-Unis et la Chine qui ont déjà mis en place de très grandes biobanques intégrées dans des cohortes en population.
C’est le cas par exemple :
Du Royaume-Uni (UK Biobank créé en 2007);
De la Suède (1957);
De la Finlande (FINRISK en 1972 et la cohorte de naissance finlandaise en 1983);
De la Norvège (Janus Biobank en 1973; Hunt Biobank en 1984);
De l'Allemagne (NaKO Biobank créée en 2018);
Des États-Unis (projet All of US lancé en 2016).
BioCF aura une place originale dans ce contexte concurrentiel avec des collections biologiques couvrant tous les âges de la naissance à la vieillesse, ce qui n'est pas le cas de UK Biobank et d'autres initiatives internationales.
Dans le cadre de BioCF, le génotypage avec une puce ADN comprenant plus de 650 000 SNP sera effectué au Centre National de Recherche en Génétique Humaine (CNRGH) pour tous les échantillons d'ADN qui seront disponibles au cours des trois premières années du projet.
Des données génotypiques détaillées seront ainsi générées pour environ 230 000 individus des cohortes participantes, avec de très nombreuses données associées concernant un large éventail de maladies, ainsi que des facteurs environnementaux (p. ex. la pollution atmosphérique ou des eaux, de l’alimentation), d’anthropométrie, des facteurs reproductifs et hormonaux, les modes de vie (p. ex. des données détaillées sur l'alimentation et l'activité physique), des facteurs socio-économiques et professionnels, des données sur les soins et la consommation de médicaments.
Un tel ensemble de données rendra BioCF unique et permettra aux chercheurs académiques et privés de mener une large gamme d'analyses, notamment par GWAS, des études sur les interactions gène-environnement ou sur les interactions gène-médicament.
