L’optimisation des Procédures Opérationnelles


Le Centre de Ressources Biologiques du CEPH (CRB du CEPH) a réorganisé intégralement sa chaîne de traitement des échantillons pour répondre aux demandes de grands projets ambitieux comme MyPeBS (My Personal Breast Screening) et potentiellement à d'autres projets d'ampleur nationale ou internationale.

Dès 2018, le CRB du CEPH intègre le projet MyPeBS, en tant que partenaire et s'engage à réaliser les extractions d'ADN de 42500 prélèvements salivaires en 2 ans et demi mais également les quantifications, normalisations, contrôles de qualité, aliquotage, stockage et mise à disposition des échantillons d'ADN.


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Pour réaliser ce projet, le CRB du CEPH a multiplié par quatre sa capacité d'extraction en adaptant l'organisation du laboratoire tout en garantissant la traçabilité des échantillons, en assurant la qualité des échantillons dans les délais imposés et en limitant les coûts de traitement.

Les changements ont porté principalement sur les éléments suivants :

  • La base de données Biobase a été profondément modifiée pour simplifier chaque étape de traçabilité tout en augmentant la traçabilité des échantillons.

  • Les extractions d'ADN ont été optimisées sur un extracteur automatisé Chemagic™Prime™ (PerkinElmer) utilisant des billes magnétiques.

  • Un protocole a été adapté pour les extractions d'ADN de kits salivaires type (OG-600 ou OG500 DNA-Genotek) pour éviter les contaminations liées à la viscosité des échantillons, éliminer complètement les billes magnétiques et garantir un rendement en ADN optimisé.

  • Les pipetages (normalisation des concentrations, aliquotage, distribution en microplaques) ont été automatisés sur le Chemagic™Prime™ (PerkinElmer).

  • Les contrôles de qualité ont été semi-automatisés sur un Fragment Analyzer (Agilent) pour établir un score de qualité reflétant la taille de l'ADN et son intégrité.

  • Les tubes tricodés (FluidX) ont été sélectionnés comme contenants de stockage de l'ADN avec les scanners et les capper/decapper adaptés.

  • Le CRB s'est également équipé également d'un QuantStudio3™ (Thermo) pour réaliser du génotypage SNP à moyen débit.

  • L'ensemble de l'organisation permettant de garantir la traçabilité des échantillons a été revue et adaptée.

Cette nouvelle organisation, mise en place en 15 mois, est validée sur les échantillons reçus dans le cadre du projet MyPeBS depuis l'été 2019. Elle a pu être menée à bien grâce à un travail collectif impliquant toute l'équipe, un renforcement de la polyvalence du personnel et la suppression de tâches répétitives.

Ces changements ont également permis au CRB d'être sélectionnés dans le cadre du Projet POPGEN : pilote du projet de population générale du Plan de Médecine Génomique de l'INSERM (PMG2025) et confirment le dynamisme du Système de Management de la Qualité du CRB du CEPH.