Souhaitant passer une année sabbatique à Paris, il prend contact avec le Professeur Jean Dausset. Ce dernier, qui vient de recevoir en 1980 le prix Nobel de Médecine, lui propose de rencontrer ses collaborateurs à l’hôpital Saint Louis. Howard Cann choisit de travailler, en 1981, avec le Docteur Daniel Cohen et son équipe qui mettent en place une étude sur le polymorphisme du système HLA au niveau de l’ADN. A l’issue de cette année, qu’il qualifie de « fantastique » et pendant laquelle il « touche » pour la première fois à l’ADN, il souhaite revenir travailler dans ce laboratoire.

Il obtient un poste de Directeur de Recherche à l’INSERM et revient à Paris, en 1984, pour travailler au Centre d’Etude du Polymorphisme Humain (CEPH), tout juste créé par le Professeur Jean Dausset. Il prend en charge l’organisation et la coordination de la collaboration internationale pour la cartographie du génome humain, la production et la distribution des ADN des familles du CEPH, ainsi que la base de données génétiques. Ce projet était fondé sur la mise en commun de matériels et de données au niveau international. Le CEPH produisait de l’ADN de grandes familles, le distribuait à des laboratoires dans le monde entier. Ces derniers généraient des données génétiques et les transféraient au CEPH qui les colligeait et les partageait avec les autres collaborateurs.