Laboratoire de Génomique
Les activités du laboratoire incluent des projets de recherche fondamentale, de recherche translationnelle et de développement technologique à l'aide d'approches (épi)génétiques et (épi)génomiques utilisant notamment le séquençage de 1ère, 2ème et 3ème génération et le génotypage de bas/moyen et haut débit.
2024 : Publication d’un article original
Early Elevated IFNα Identified as the Key Mediator of HIV Pathogenesis and its low level a Hallmark of Elite Controllers dans le journal Communications medicine (London)
2024 : Publication d’un article original
IFNα induces CCR5 in CD4+ T-cells, causing its anti- HIV inefficiency and its subsequent pathogenic elevation, partially controlled by anti-HIV therapy dans le journal Communications medicine (London)
2024 : Publication d'un erratum
Correction to: The CEPH aging cohort and biobank: a valuable collection of biological samples from exceptionally long-lived French individuals and their offspring for longevity studies dans le journal GeroScience
Le laboratoire de Génomique s’intéresse à deux thématiques de recherche :
I. L’étude du vieillissement et de la longévité humaines
II. L’étude des microsatellites et de l’instabilité des microsatellites
Génétique et épigénétique du vieillissement et de la longévité humaines
Le vieillissement de la population est l’un des défis sociétaux, économiques et de santé publique majeurs en France et en Europe. Il est donc important de pouvoir proposer des solutions à l'augmentation des coûts pour le système de santé due au vieillissement de la population, notamment en améliorant le vieillissement en bonne santé, ce qui nécessite une bonne compréhension des mécanismes du vieillissement et de la longévité qui affectent différemment chaque individu.
La cohorte Vieillissement du CEPH a été établie dans les années 1990 à 2000 afin de collecter l’ADN de près de 2000 nonagénaires, centenaires et supercentenaires français dans le but d’identifier les facteurs génétiques héréditaires associés à la longévité. Elle a notamment permis l’identification du gène APOE dont l’association avec la longévité est la plus clairement établie à ce jour.
Les projets du laboratoire de génomique sur cette thématique se décline en trois axes :
I. Etude des variations génétiques et épigénétiques du génome mitochondrial dans le vieillissement et la longévité humaines ;
II. Etude des acides nucléiques circulants du plasma sanguin au cours du vieillissement et recherche de biomarqueurs plasmatique circulant de la longévité ;
III. Horloges épigénétiques et altérations des horloges épigénétiques chez des centenaires et supercentenaires et leurs descendants.
Microsatellites et instabilité des microsatellites dans le cancer
Les microsatellites sont des séquences d’ADN répétées en tandem présentant un motif de répétitions de 1 à 6 nucléotides qui sont présents de manière ubiquitaire dans le génome de presque tous les organismes vivants. En raison de leurs taux de mutations élevés qui sont responsables de leur évolution rapide et qui sont causés principalement par le glissement de la polymérase, les microsatellites présentent un haut niveau de polymorphisme basé sur le nombre de répétitions du motif de base et sont utilisés comme marqueurs génétiques dans de nombreuses applications biomédicales.
Dans le cancer, l'instabilité des microsatellites (MSI/MSI-H) est une altération génétique qui a été initialement décrite dans le cancer colorectal (CRC) et se caractérise par l'accumulation de mutations dans les microsatellites due à une perte de fonction du système de réparation des mésappariements (MMR). La détection des MSI dans le cancer est utile au diagnostic (cancer sporadique ou syndrome de Lynch et CMMRD), au pronostic et pour le choix d’un traitement ciblé (chimio/immuno- thérapie).
Les projets du laboratoire de génomique sur cette thématique se décline en trois axes :
I. Etude fondamentale de la formation des mutations microsatellites dans des systèmes in vitro et des modèles in vivo procaryotes et eucaryotes ;
II. Amélioration des méthodes de génotypage et de séquençage (1ère, 2ème et 3ème génération) des séquences microsatellites ;
III. Développement de nouvelles méthodes ultra-sensibles de détection des MSI dans le cancer.
Publications
2024
Le Buanec H, Schiavon V, Merandet M, How-Kit A, Bergerat D, Fombellida-Lopez C, Bensussan A, Bouaziz JD, Burny A, Darcis G, Song H, Sajadi MM, Kottilil S, Gallo RC, Zagury D. Early Elevated IFNα Identified as the Key Mediator of HIV Pathogenesis and its low level a Hallmark of Elite Controllers. Commun Med (Lond). 2024 Mar 19;4(1):53. doi: 10.1038/s43856-024-00454-6.
Le Buanec H, Schiavon V, Merandet M, How-Kit A, Song H, Bergerat D, Fombellida-Lopez C, Bensussan A, Bouaziz JD, Burny A, Darcis G, Sajadi MM, Kottilil S, Zagury D, Gallo RC. IFNα induces CCR5 in CD4+ T-cells, causing its anti- HIV inefficiency and its subsequent pathogenic elevation, partially controlled by anti-HIV therapy. Commun Med (Lond). 2024 Mar 19;4(1):52. doi: 10.1038/s43856-024-00453-7.
How-Kit A, Sahbatou M, Hardy LM, Tessier NP, Schiavon V, Le Buanec H, Sebaoun JM, Blanché H, Zagury JF, Deleuze JF. Correction to: The CEPH aging cohort and biobank: a valuable collection of biological samples from exceptionally long-lived French individuals and their offspring for longevity studies. Geroscience. 2024 Jan 26. doi: 10.1007/s11357-024-01085-4.
2023
How-Kit A, Sahbatou M, Hardy LM, Tessier NP, Schiavon V, Le Buanec H, Sebaoun JM, Blanché H, Zagury JF, Deleuze JF. The CEPH aging cohort and biobank: a valuable collection of biological samples from exceptionally long-lived French individuals and their offspring for longevity studies. Geroscience. 2023 Dec 23. doi: 10.1007/s11357-023-01037-4.
Tessier NP*, Hardy LM*, Deleuze JF & How-Kit●. A Circulating cell-free nucleic acids of plasma in human aging, healthy aging and longevity: current state of knowledge. Front. Genetics. 14:1321280. doi:10.3389/fgene.2023.1321280. IF: 4.772. *Equal contribution ●Corresponding author
How-Kit A & Ye K. Editorial: Microsatellite and Microsatellite Instability. Front Genet. volume 14 - 2023 May. doi:10.3389/fgene.2023.1189212.
Calugareanu A, Specque F, Demouche S, Grolleaux C, Dobos G, Merandet M, Bergerat D, Peltier S, Jachiet M, Cassius C, Mahevas T, Saussine A, How-Kit A, Serror K, Baulande S, Lepelletier C, Mrad M, Charvet E, de Masson A, Boccara D, Battistella M, Le Buanec H & Bouaziz JD. Transcriptomic landscape of prurigo nodularis lesional skin CD3+ T cells using single-cell RNA-Sequencing. J Invest Dermatol. 2023 May 30:S0022-202X(23)02134-6. doi: 10.1016/j.jid.2023.05.011.
Grolleau C, Calugareanu A, Demouche S, Nosbaum A, Staumont-Sallé D, Aubert H, Cassius C, Jachiet M, Saussine A, Bagot M, Bachelez H, Battistella M, Hotz C, Du Thanh A, Crépy MN, Bergerat D, Merandet M, Onifarasoaniaina R, Alberdi A, How-Kit A, Bouaziz JD, Le-Buanec H. IL-4/IL-13 Inhibitors for Atopic Dermatitis Induce Psoriatic Rash Transcriptionally Close to Pustular Psoriasis. J Invest Dermatol. 2023 Jan 5:S0022-202X(22)02817-2. doi: 10.1016/j.jid.2022.10.015. Epub ahead of print. PMID: 36610660.
Jeanjean SI, Renault V, Daunay A, Shen Y, Hardy LM, Deleuze JF & How-Kit A. LT-RPA: An Isothermal DNA Amplification Approach for Improved Microsatellite Genotyping and Microsatellite Instability Detection. Methods Mol Biol. 2023;2621:91-109. doi: 10.1007/978-1-0716-2950-5_7.
2022
Carrier A, Desjobert C, Ponger L, Lamant L, Bustos M, Torres-Ferreira J, Henrique R, Jeronimo C, Lanfrancone L, Delmas A, Favre G, Daunay A, Busato F, Hoon DSB, Tost J, Etievant C, Riond J, Arimondo PB. DNA methylome combined with chromosome cluster-oriented analysis provides an early signature for cutaneous melanoma aggressiveness. Elife. 2022 Sep 20;11:e78587. doi: 10.7554/eLife.78587. PMID: 36125262; PMCID: PMC9525058.
Daunay A, Hardy LM, Bouyacoub Y, Sahbatou M, Touvier M, Blanché H, Deleuze JF, How-Kit A. Centenarians consistently present a younger epigenetic age than their chronological age with four epigenetic clocks based on a small number of CpG sites. Aging (Albany NY). 2022 Oct 3;14. doi: 10.18632/aging.204316.
Hardy LM, Bouyacoub Y, Daunay A, Sahbatou M, Baudrin LG, Gressin L, Touvier M, Blanché H, Deleuze JF, How-Kit A. A high-throughput real-time PCR tissue-of-origin test to distinguish blood from lymphoblastoid cell line DNA for (epi)genomics studies. Sci Rep. 2022 Mar 18;12(1):4684. doi: 10.1038/s41598-022-08663-6.
Renault V, Tubacher E, How-Kit A. Assessment of Microsatellite Instability from Next-Generation Sequencing Data. Adv Exp Med Biol. 2022;1361:75-100. doi: 10.1007/978-3-030-91836-1_5.PMID: 35230684.
2020
Zeggar HR, How-Kit A, Daunay A, Bettaieb I, Sahbatou M, Rahal K, Adouni O, Gammoudi A, Deleuze JF & Kharrat M. Tumor DNA hypomethylation of LINE-1 is associated with the tumor grade of breast cancer. Oncol Lett. 2020 Aug;20(2):1999-2006. doi: 10.3892/ol.2020.11745. Epub 2020 Jun 17.
Garali I*, Sahbatou M*, Daunay A, Baudrin LG, Renault V, Bouyacoub Y, Deleuze JF & How-Kit A. Improvement of a blood-based single-locus age prediction model using DNA methylation of ELOVL2 promoter. Sci Rep. 2020 Sep 24;10(1):15652. doi: 10.1038/s41598-020-72567-6.* Equal contribution.
Cassius C, Amode R, Delord M, Battistella M, Poirot J, How-Kit A, Lepelletier C, Jachiet M, de Masson A, Frumholtz L, Cordoliani F, Boccara D, Lehmann-Che J, Wong J, Dubanchet S, Alberdi AJ, Merandet M, Bagot M, Bensussan A, Bouaziz JD, Le Buanec H. MDA5+ dermatomyositis is associated with stronger skin type I interferon transcriptomic signature with up-regulation of IFN-κ transcript. J Invest Dermatol. 2020 Jan 10. pii: S0022-202X(19)33493-1. doi: 10.1016/j.jid.2019.10.020.
Jouenne F, Chevret S, Bugnet E, Clappier E, Lorillon G, Meignin V, Sadoux A, Cohen S, Haziot A, How-Kit A, Kannengiesser C, Lebbé C, Gossot D, Mourah S, Tazi A. Genetic Landscape and Clinical Outcomes of Adult Langerhans Cell Histiocytosis with Lung Involvement. Eur Respir J. 2020 Feb 27;55(2). pii: 1901190. doi: 10.1183/13993003.01190-2019.
2019
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Schiavon V*, Duchez S*, Branchtein M*, How-Kit A*, Cassius C, Daunay A, Shen Y, Dubanchet S, Colisson R, Vanneaux V, Pruvost A, Roucairol C, Setterblad N, Bouaziz JD, Boissier MC, Semerano L, Graux C, Bensussan A, Burny A, Gallo RC, Zagury D, Le Buanec H. Microenvironment tailors nTregs structure and function. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Mar 7. pii: 201812471. doi: 10.1073/pnas.1812471116. * Equal contribution.
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How-Kit A, Daunay A, Buhard O, Meiller C, Sahbatou M, Collura A, Duval A, Deleuze JF. Major improvement in the detection of microsatellite instability in colorectal cancer using HSP110 T17 E-ice-COLD-PCR. Hum Mutat. 2018 Mar;39(3):441-453. doi: 10.1002/humu.23379. Epub 2017 Dec 26.
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Bjaanæs MM*, Fleischer T*, Halvorsen AR, Daunay A, Busato F, Solberg S, Jørgensen L, Kure E, Edvardsen H, Børresen-Dale AL, Brustugun OT, Tost J, Kristensen V, Helland A. Genome-wide DNA methylation analyses in lung adenocarcinomas: association with EGFR, KRAS and TP53 mutation status, gene expression and prognosis. Mol Oncol. 2016 Feb;10(2):330-43. doi: 10.1016/j.molonc.2015.10.021.
Guégan S, Kadlub N, Picard A, Rouillé T, Charbel C, Coulomb-L'Hermine A, How-Kit A, Fraitag S, Aractingi S, Fontaine RH. Varying proliferative and clonogenic potential in NRAS-mutated congenital melanocytic nevi according to size. Exp Dermatol. 2016 May 19. doi: 10.1111/exd.13073.
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Boureau L, How-Kit A, Teyssier E, Drevensek S, Rainieri M, Joubès J, Stammitti L, Pribat A, Bowler C, Hong Y, Gallusci P. A CURLY LEAF homologue controls both vegetative and reproductive development of tomato plants. Plant Mol Biol. 2016 Mar;90(4-5):485-501. doi: 10.1007/s11103-016-0436-0.
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